Nằm trong vùng tam giác phát triển kinh tế trọng điểm Hà Nội – Hải Phòng – Quảng Ninh, những năm gần đây, hạ tầng giao thông tỉnh Bắc Ninh được đầu tư xây dựng quy mô khiến tỉnh này trở thành điểm đến hấp dẫn trong mắt các nhà đầu tư...
Yên Phụ nằm về phía Tây Huyện Yên Phong khoảng 4km. Miền quê "Thất Diệu sơn", có 7 quả núi nổi lên giữa một vùng đồng bằng, nằm án ngự trên tỉnh lộ 286.
- Phía Bắc và Tây Bắc giáp các xã Tam Giang, Hòa Tiến.
- Phía Nam giáp xã Thụy Lâm – Đông Anh – Hà Nội.
- Phía Đông giáp Thị trấn Chờ.
- Phía Nam giáp xã Văn Môn.
- Phía Đông có con đường liên xã nối liền Yên Phụ với Văn Môn và các xã khác trong huyện.
- Phía Tây của xã có tuyến đường liên huyện nối với Đông Anh và vùng ngoại ô Hà Nội.
Tính đến năm 2015, xã có tổng diện tích tự nhiên là 553,96 ha. Yên Phụ có hệ thống giao thông đường bộ thuận tiện, con đường tỉnh lộ 286 đi từ thành phố Bắc Ninh tới Phù Lỗ (Hà Nội) chạy qua trung tâm xã. Phía Bắc xã có đường cao tốc 18 chạy qua nối liền Yên Phụ với khu chế xuất Sóc Sơn và sân bay Quốc tế Nội Bài (Hà Nội).